Das Benediktinerkloster Santa Maria d’Amer wurde um das Jahr 820 vom Abt Deodat gegründet und im Jahr 949 vom Bischof Gotmar geweiht, als Ersatz für das Kloster Sant Medir i Sant Genís.

Im Laufe der Zeit gewann das Kloster an Bedeutung und wurde im Jahr 1080 im Zuge der gregorianischen Agrarreform zum einzigen Kloster in den gironischen Gebieten, das keiner auswärtigen Institution unterstellt wurde. Seine vollständige Unabhängigkeit und Autonomie wurde direkt von Rom bestätigt, im Jahr 1186 durch eine päpstliche Bulle von Climent, die die Freiheiten und Besitzungen des Klosters bekräftigte.

Trotz der Auswirkungen der Erdbeben des 15. Jahrhunderts, bei denen der Kreuzgang und ein Teil der Kirche einstürzten, blieb die Bedeutung des Klosters ungebrochen: Im Jahr 1485 wurde hier das Abkommen unterzeichnet, das der Lösung des Konflikts der Remences vorausging, und im 16. und 17. Jahrhundert wurden einige Äbte von Amer zu Präsidenten der Generalitat. Das Kloster wurde infolge der Säkularisation von 1835 geschlossen.

Das bemerkenswerteste romanische Element der Anlage ist die Kirche, die heute als Pfarrkirche dient. Sie ist von vier Apsiden abgeschlossen, die außen mit den typischen lombardischen Blendarkaden geschmückt sind. Auch die Hauptstruktur der drei Schiffe sowie die Basis des Glockenturms stammen aus romanischer Zeit. Die Überreste des Kreuzgangs wurden bei Ausgrabungen im Jahr 1989 entdeckt und sind heute wieder überdeckt, während die übrigen Klostergebäude aus späteren Bauphasen nach den Erdbeben stammen.