Le monastère bénédictin de Santa Maria d’Amer, fondé autour de l’an 820 par l’abbé Deodat, fut consacré en 949 par l’évêque Gotmar en remplacement du monastère de Sant Medir et Sant Genís.

Le monastère devint progressivement puissant et, en 1080, à la suite de la réforme agraire grégorienne, il fut le seul des terres gironines à ne pas être uni à aucune maison étrangère. La pleine indépendance et autonomie dont il jouissait furent confirmées directement depuis Rome, en 1186, par la bulle papale de Clément, qui corroborait les libertés et les possessions du monastère.

Malgré les effets des tremblements de terre du XVᵉ siècle, au cours desquels le cloître et une partie de l’église s’effondrèrent, l’importance du monastère resta intacte : en 1485, l’accord qui précéda la résolution du conflit remença y fut signé et, aux XVIᵉ et XVIIᵉ siècles, certains abbés d’Amer devinrent présidents de la Generalitat. Le monastère fut fermé à la suite de l’exclaustration de 1835.

L’élément roman le plus remarquable de l’ensemble est l’église, qui sert actuellement de temple paroissial. Couronnée par quatre absides avec les typiques arcatures lombardes à l’extérieur, la structure principale des trois nefs et la base du clocher sont également romanes. Les vestiges du cloître furent localisés lors de fouilles en 1989 et demeurent actuellement enfouis, tandis que les dépendances monastiques appartiennent à des réformes postérieures aux tremblements de terre.