El monasterio benedictino de Santa María de Amer, fundado alrededor del año 820 por el abad Deodat, fue consagrado en 949 por el obispo Gotmar en sustitución del monasterio de San Medir y San Ginés.

El monasterio se fue haciendo poderoso y, en 1080, a raíz de la reforma agraria gregoriana, fue el único de las tierras gerundenses que no fue unido a ninguna casa forastera. La plena independencia y autonomía de que gozaba fue confirmada directamente desde Roma, en 1186, por la bula papal de Clemente, que corroboraba las libertades y las posesiones del monasterio.

A pesar de los efectos de los terremotos del siglo XV, en los que se derrumbaron el claustro y una parte de la iglesia, la importancia del monasterio continuó firme: en 1485 se firmó allí el acuerdo que precedió la resolución del conflicto remensa y, en los siglos XVI y XVII, algunos abades de Amer llegaron a ser presidentes de la Generalitat. El monasterio fue cerrado a raíz de la exclaustración de 1835.

El elemento románico más destacable del conjunto es la iglesia, que actualmente funciona como templo parroquial. Rematada por cuatro ábsides con las típicas arcuaciones lombardas en el exterior, también es románica la estructura principal de las tres naves y la base del campanario. Los restos del claustro se localizaron en unas excavaciones en 1989 y actualmente permanecen soterrados, mientras que las dependencias monásticas pertenecen a reformas posteriores a los terremotos.